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mothur分析16s序列,pcr.seqs start和end位置

发布于:18-01-12  |   作者:admin

mothur的SOP中,将tags比对到silva数据的目的是让tags基本在目标区间以内,这也是过滤的步骤之一。由于silva数据库的16s序列为全长或接近全长,直接比对会显著增加计算量(alignment的计算量是相当惊人的)。因此,从数据库中取目标片段做比对是减少计算量的

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标签:16s,mothur 日志分类:微生物围观群众:200人
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微生物多样性分析之Bray curtis距离

发布于:18-01-11  |   作者:admin

Bray-Curtis距离是以该统计指标的提出者J. Roger Bray和John T. Curtis的名字命名的,主要基于OTUs的计数统计,比较两个群落微生物的组成差异。与 unifrac距离 ,包含的信息完全不一样;相比于 jaccard距离 ,Bray-Curtis则包含了OTUs丰度信息。 其中,S_(A,

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标签:多样性,beta 日志分类:微生物围观群众:141人
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微生物多样性分析之unweighted unifrac

发布于:18-01-08  |   作者:admin

(unweighted) unifrac是Lozupone等人[1]2005年提出的,从进化的角度比较两个不同微生物群落的差异(成对的比较)。基于多个群落unweighted unifrac距离矩阵,可以进一步做pcoa分析。随后,2007年,该团队又在此基础上,加入物种丰度信息,提出weighted unifr

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标签:微生物 日志分类:微生物围观群众:125人
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微生物多样性分析之jaccard距离

发布于:18-01-03  |   作者:admin

jaccard index/distance 在微生物多样性分析中,被简单用于评估不同环境下微生物种类的相似性。jaccard distance仅仅考虑微生物种类(OTU)差异,忽略丰度(abundance)等信息。 jaccard相似度公式如下: 其中,Dab为a和b环境的jaccard distance,Numab为共有

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标签:微生物 日志分类:微生物围观群众:185人
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newick-python使用笔记

发布于:17-12-20  |   作者:admin

node.get_leaves() #获取所有子节点 node.get_leaf_names() #获取所有子节点名称(label) node.get_node(label) #获取指定名称(label)节点 node.length #节点到父亲节点的长度 node.name #节点名称 dumps(tree)#字符形式打印树 node.descendants #访问下

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标签:python 日志分类:Python围观群众:172人
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