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使用GWAS结果绘制曼哈顿图和QQ图——qqman

发布于:18-05-12  |   作者:admin

GWAS最核心的两张图就是曼哈顿图和QQ plot。今天和大家分享这两张图的R画法。 这里将使用1个专门的R包qqman。 绘图使用的数据格式大概如下: 共4列,分别是:SNP-id,染色体编号,SNP坐标,P value; SNP CHR BP Prs1 1 1 0.9148060rs2 1 2 0.9370754rs3 1 3 0

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标签:gwas,R 日志分类:生信软件围观群众:215人
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DNA序列比对,Needleman-Wunsch算法的python实现

发布于:18-04-25  |   作者:admin

Needleman-Wunsch算法也算是DNA序列比对中的经典算法了,由于写一个OTU聚类软件的需要,仔细研究了一下NW算法,然后用python编程实现。再次,就不解释Needleman-Wunsch算法的具体内容(网上能搜索到一大堆,好吧,我承认其实是因为我很难说清楚)。下面的代

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标签:DNA比对,python 日志分类:杂七杂八围观群众:3066人
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python web开发框架推荐

发布于:18-03-29  |   作者:admin

博主用过flask、bottle和django三款python web开发框架,总体来说更喜欢django,确实在很多事情上已经帮用户搞定了。下面时转帖,留作笔记,希望有用! 1.CubicWeb CubicWeb的最重要的功能是其代码的可重用性,由一个个代码单元组成。它灵活又强大,并且还有

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标签:web,python 日志分类:Python围观群众:182人
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blast错误:blastn/makeblastdb error: Too many positional arg

发布于:18-03-28  |   作者:admin

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279680/ Error: Too many positional arguments (1), the offending value: in Error: (CArgException::eSynopsis) Too many positional arguments (1), the offending value: in

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标签: 日志分类:生信软件围观群众:320人
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使用dada2的assignSpecies将OTU注释到种水平

发布于:18-03-22  |   作者:admin

基于贝叶斯方法的注释方法可以很好地将OTU注释到各分类学水平,但是注释到种水平还需要额外的方法补充。dada2最近提供新的注释方法assignSpecies,可以有效地将OTU注释到中水平。 首先,我们需要下载16s rRNA基因的注释数据库。

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标签:dada2,注释,16s,微生物 日志分类:微生物围观群众:168人
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