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htseq-count使用方法和参数简要说明

发布于:14-08-15  |   作者:admin

htseq-count是一款用于reads计数的轻便软件,作者介绍说可以用于多种mapping软件的输出结果,而我则用于tophat2的输出文件做计数。不过貌似所有能转换为sam格式文件的输出都可以用htseq-count计数。 htseq-count的输入文件 输入为sam格式的文件,如果是paire

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标签:htseq-count 日志分类:杂七杂八围观群众:8663人
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分析序列的手机APP,外国哥们真敢想

发布于:14-07-22  |   作者:admin

新加坡的一哥们在bioinformatics上发表了一篇中国人想都不敢想,想了也不敢做,做了也不敢写,写了也不敢发表的文章基于安卓和iso的序列分析软件。软件非常简单,只能对ab1格式文件可视化,对序列做简单的方向互补、翻译和序列搜索。这些功能在电脑上简直就

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标签: 日志分类:杂七杂八围观群众:194人
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利用R做三维图

发布于:14-04-12  |   作者:admin

1、plot3d(x,y,z) ,其中x,y,z是数值型向量,代表各个点 这个图形允许你对三维的散点图进行交互式操作,让你可以从多个角度观测绘制的数据点。 可以用鼠标旋转坐标轴 ,你会发现三维散点图的旋转能使你更轻松地理解图形。 library(rgl)attach(mtcars)plot3d(

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标签:作图,R 日志分类:杂七杂八围观群众:760人
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R语言里面的因子(factor)

发布于:14-03-22  |   作者:admin

统计基础不好,所以一直无法理解R语言中的因子(factor),复习笔记的时候突然有了新的理解,立马再做个笔记,同时也与同样基础 薄弱的网友分享我的理解。 在R语言中,因子(factor)表示的是一个符号、一个编号或者一个等级,即,一个点。例如,人的个数可

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标签:R 日志分类:杂七杂八围观群众:7658人
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circos命令行常用指令和参数

发布于:13-11-22  |   作者:admin

所谓常用还是有点勉强,作图基本上很少用到这些命令,只需要在配置文件里面写入即可。只是有时候需要对circos的参数做临时性的改动,避免对配置文件频繁改动,才会使用这些命令。 命令:../circos/bin/circos option [-conf file] -conf FILE 配置文件,通常

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标签:circos 日志分类:杂七杂八围观群众:1288人
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