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使用GWAS结果绘制曼哈顿图和QQ图——qqman

发布于:18-05-12  |   作者:admin

GWAS最核心的两张图就是曼哈顿图和QQ plot。今天和大家分享这两张图的R画法。 这里将使用1个专门的R包qqman。 绘图使用的数据格式大概如下: 共4列,分别是:SNP-id,染色体编号,SNP坐标,P value; SNP CHR BP Prs1 1 1 0.9148060rs2 1 2 0.9370754rs3 1 3 0

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标签:gwas,R 日志分类:生信软件围观群众:543人
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DNA序列比对,Needleman-Wunsch算法的python实现

发布于:18-04-25  |   作者:admin

Needleman-Wunsch算法也算是DNA序列比对中的经典算法了,由于写一个OTU聚类软件的需要,仔细研究了一下NW算法,然后用python编程实现。再次,就不解释Needleman-Wunsch算法的具体内容(网上能搜索到一大堆,好吧,我承认其实是因为我很难说清楚)。下面的代

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标签:DNA比对,python 日志分类:杂七杂八围观群众:3518人
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blast错误:blastn/makeblastdb error: Too many positional arg

发布于:18-03-28  |   作者:admin

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279680/ Error: Too many positional arguments (1), the offending value: in Error: (CArgException::eSynopsis) Too many positional arguments (1), the offending value: in

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标签: 日志分类:生信软件围观群众:433人
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使用dada2的assignSpecies将OTU注释到种水平

发布于:18-03-22  |   作者:admin

基于贝叶斯方法的注释方法可以很好地将OTU注释到各分类学水平,但是注释到种水平还需要额外的方法补充。dada2最近提供新的注释方法assignSpecies,可以有效地将OTU注释到中水平。 首先,我们需要下载16s rRNA基因的注释数据库。

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标签:dada2,注释,16s,微生物 日志分类:微生物围观群众:258人
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mothur分析16s序列,pcr.seqs start和end位置

发布于:18-03-22  |   作者:admin

mothur的SOP中,将tags比对到silva数据的目的是让tags基本在目标区间以内,这也是过滤的步骤之一。由于silva数据库的16s序列为全长或接近全长,直接比对会显著增加计算量(alignment的计算量是相当惊人的)。因此,从数据库中取目标片段做比对是减少计算量的

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标签:16s,mothur 日志分类:微生物围观群众:464人
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