1 Comments

使用samtools/bedtools提取bam/sam文件指定区域reads

发布于:17-03-07  |   作者:admin

输入文件:reads_mapto_genome.sam #SAM格式 specific_region.bed #第一列为染色体ID,第二三列分别为起始终止位置 例: 12 21100 41200 #取12号染色体21100-41200区间的序列 1. 将reads_mapto_genome.sam转换为BAM格式 samtools view -Sb reads_mapto_genom

+阅读全文

标签:samtools 日志分类:学习笔记围观群众:1010人
0 Comments

samtools faidx创建fasta格式文件索引fai

发布于:17-03-07  |   作者:admin

fasta是常用的序列存储格式,软件对序列进行快速查找的时候通常需要建立索引文件,例如在GATK、IGV等软件中导入序列的时候都需要建立索引。fasta格式文件的一种索引为fai结尾的文件,可以使用samtools faidx命令创建,具体用法如下: 用法: samtools faidx

+阅读全文

标签:samtools 日志分类:生信软件围观群众:646人
0 Comments

matplotlib新建图片(修改图片尺寸和质量值)

发布于:16-12-08  |   作者:admin

figure(num=None, figsize=None, dpi=None, facecolor=None, edgecolor=None, frameon=True, FigureClass=class matplotlib.figure.Figure, **kwargs) num:接收字符串或者整数。图片的id,默认情况下根据已有的图片自动分配,id用于后续多个图片时,选择激

+阅读全文

标签: 日志分类:matplotlib围观群众:535人
0 Comments

用nohup后台运行python脚本

发布于:16-11-25  |   作者:admin

编写好web application之后,需要在阿里云的服务器上运行,但是使用apache2监听还有一些问题(主要是从scipy上导入包之后,有时出现莫名的程序终止),打算暂时用最low的方法运行着。因此,使用nohup来运行,转载命令用法如下。 nohup 命令 用途 : Linux 命

+阅读全文

标签:python,nohup 日志分类:Python围观群众:1581人
13 Comments

关于博主

发布于:16-11-21  |   作者:admin

【本着绝不吹牛,吹牛也不打草稿的原则,做简单的自我介绍】 我爸给我起名 邓飞龙 ,沿用至今,打算长期使用并刻于墓碑,属于第一批出生的90后。本科就读于雅安最强高校 四川农业大学 ,并有幸继续随迁校大军移至 成都温江 继续我的读书生涯,目前是渣渣博士

+阅读全文

标签: 日志分类:杂七杂八围观群众:606人
  • 首页
  • 上一页
  • 1
  • 2
  • 3
  • 4
  • 5
  • 6
  • 7
  • 8
  • 9
  • 10
  • 11
  • 下一页
  • 末页
  • 1587