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微生物多样性分析之Bray curtis距离

发布于:18-01-11  |   作者:admin

Bray-Curtis距离是以该统计指标的提出者J. Roger Bray和John T. Curtis的名字命名的,主要基于OTUs的计数统计,比较两个群落微生物的组成差异。与 unifrac距离 ,包含的信息完全不一样;相比于 jaccard距离 ,Bray-Curtis则包含了OTUs丰度信息。 其中,S_(A,

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标签:多样性,beta 日志分类:微生物围观群众:1282人
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微生物多样性分析之unweighted unifrac

发布于:18-01-08  |   作者:admin

(unweighted) unifrac是Lozupone等人[1]2005年提出的,从进化的角度比较两个不同微生物群落的差异(成对的比较)。基于多个群落unweighted unifrac距离矩阵,可以进一步做pcoa分析。随后,2007年,该团队又在此基础上,加入物种丰度信息,提出weighted unifr

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标签:微生物 日志分类:微生物围观群众:820人
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微生物多样性分析之jaccard距离

发布于:18-01-03  |   作者:admin

jaccard index/distance 在微生物多样性分析中,被简单用于评估不同环境下微生物种类的相似性。jaccard distance仅仅考虑微生物种类(OTU)差异,忽略丰度(abundance)等信息。 jaccard相似度公式如下: 其中,Dab为a和b环境的jaccard distance,Numab为共有

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标签:微生物 日志分类:微生物围观群众:317人
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ubuntu上搭建ftp服务器及配置

发布于:17-12-08  |   作者:admin

临时需要搭建一个ftp服务器,提供大数据下载服务,我的操作记录如下: 1. 安装 sudo apt-get install vsftpd 2. 新增用户 mkdir /home/ftp sudo useradd -d /home/ftp -s /bin/bash fldeng passwd fldeng gedit /etc/vsftpd.conf 在文件中添加一下内容: user

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标签: 日志分类:学习笔记围观群众:117人
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qiime2 feature-classifier 错误

发布于:17-12-06  |   作者:admin

使用qiime2 feature-classifier classify-sklearn 的时候出现一下错误提示: Plugin error from feature-classifier:

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标签:qiime2 日志分类:学习笔记围观群众:946人
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