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分享一个htseq-count简单修改版

发布于:17-04-12  |   作者:admin

由于做RNA-seq用到了htseq-count,出于偷懒的目的,简单修改了一下htseq-count,不用再一个个的sam文件输入文件再得到一个个独立的结果文件。修改之后可以直接以list的形式输入,再得到一个count table。 输入文件格式为一行一个输入,可以以相对路径或者绝

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标签:RNA-Seq,htseq-count 日志分类:杂七杂八围观群众:2543人
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生物信息入门,python or perl?

发布于:17-04-11  |   作者:admin

再次有朋友加我QQ问我生物信息如何入门,应该学习python还是perl。实话说,虽然已经学习生物信息三年有余,但是限于自己所处的环境以及自己的天赋,我一直认为自己并没有太大的进步。而在编程方面更是半路出家的和尚,称不上一个合格的码农,也称不上是一个p

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标签: 日志分类:杂七杂八围观群众:852人
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使用flask-login管理登录和登出

发布于:17-03-07  |   作者:admin

1. 应该在创建 user 数据库模型的时候继承 UserMixin 类,或者在数据库模型中写入 is_authenticated(), is_active(), is_anonymous() 和 get_id() 四个方法。 2. 必须写入回调函数,该函数用于在会话中获取用户 id 并构建用户对象(即查询其他信息),该函数

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标签:python,flask 日志分类:Python围观群众:272人
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使用samtools/bedtools提取bam/sam文件指定区域reads

发布于:17-03-07  |   作者:admin

输入文件:reads_mapto_genome.sam #SAM格式 specific_region.bed #第一列为染色体ID,第二三列分别为起始终止位置 例: 12 21100 41200 #取12号染色体21100-41200区间的序列 1. 将reads_mapto_genome.sam转换为BAM格式 samtools view -Sb reads_mapto_genom

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标签:samtools 日志分类:学习笔记围观群众:1975人
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samtools faidx创建fasta格式文件索引fai

发布于:17-03-07  |   作者:admin

fasta是常用的序列存储格式,软件对序列进行快速查找的时候通常需要建立索引文件,例如在GATK、IGV等软件中导入序列的时候都需要建立索引。fasta格式文件的一种索引为fai结尾的文件,可以使用samtools faidx命令创建,具体用法如下: 用法: samtools faidx

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标签:samtools 日志分类:生信软件围观群众:1244人
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