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DNA序列比对,Needleman-Wunsch算法的python实现

发布于:15-11-27  |   作者:admin

Needleman-Wunsch算法也算是DNA序列比对中的经典算法了,由于写一个OTU聚类软件的需要,仔细研究了一下NW算法,然后用python编程实现。再次,就不解释Needleman-Wunsch算法的具体内容(网上能搜索到一大堆,好吧,我承认其实是因为我很难说清楚)。下面的代

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标签:DNA比对,python 日志分类:杂七杂八围观群众:1612人
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pdf转tiff工具,在线使用方便快捷【推荐】

发布于:15-11-26  |   作者:admin

杂志要求tiff图片,之前用过一个pdf转tiff的软件,但是实在忘记放哪里了,找了半天也没有能在网上找到。而上网搜索了一大堆类似软件都不好用,居然还遇到一个在输出图片上打watermark的,最后找到这个pdf转tiff的在线工具,用起来方便,推荐给大家(也算我自

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标签:pdf 日志分类:生信软件围观群众:185人
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tophat输出结果做RNA-seQC简单介绍

发布于:15-11-12  |   作者:admin

tophat输出结果主要内容为包含了alignment的bam文件,对bam文件的质量评价可以使用RNA-seQC。可用于一个或者多个bam文件的质量评价。起主要输出结果包含: Reads读取 总的,独特,复制的Reads 定位的Reads和定位的独特Reads rRNA Reads 转录-注解Reads(基因

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标签: 日志分类:杂七杂八围观群众:1926人
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使用PBS命令在服务器集群运行软件

发布于:15-10-26  |   作者:admin

一.启动pbs服务 1. 启动pbs服务端(主节点即为服务端) /etc/init.d/pbs_server start 2. 启动客户端(主节点和其他节点都可以计算,因此都可以打开) /etc/init.d/pbs_mom start (注意:除start外,还可以status, restart, stop) 3. 打开所有借点调度器

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标签: 日志分类:生信软件围观群众:276人
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用bedtools计算序列覆盖度coverage

发布于:15-10-13  |   作者:admin

为了来根据我的contig coverage来聚类,我通过bowtie比对reads和contig,获得了比对的sam文件,然后通过samtools进行了处理,但是得到的结果只有多少条reads匹配到我的contig上,不是coverage.(具体怎么操作,之前博文有交代)。 接着我采用bedtools来接着对sam

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标签:bedtools 日志分类:生信软件围观群众:2509人
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