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tophat输出结果做RNA-seQC简单介绍

发布于:15-11-12  |   作者:admin

tophat输出结果主要内容为包含了alignment的bam文件,对bam文件的质量评价可以使用RNA-seQC。可用于一个或者多个bam文件的质量评价。起主要输出结果包含: Reads读取 总的,独特,复制的Reads 定位的Reads和定位的独特Reads rRNA Reads 转录-注解Reads(基因

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标签: 日志分类:杂七杂八围观群众:2034人
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使用PBS命令在服务器集群运行软件

发布于:15-10-26  |   作者:admin

一.启动pbs服务 1. 启动pbs服务端(主节点即为服务端) /etc/init.d/pbs_server start 2. 启动客户端(主节点和其他节点都可以计算,因此都可以打开) /etc/init.d/pbs_mom start (注意:除start外,还可以status, restart, stop) 3. 打开所有借点调度器

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标签: 日志分类:生信软件围观群众:307人
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用bedtools计算序列覆盖度coverage

发布于:15-10-13  |   作者:admin

为了来根据我的contig coverage来聚类,我通过bowtie比对reads和contig,获得了比对的sam文件,然后通过samtools进行了处理,但是得到的结果只有多少条reads匹配到我的contig上,不是coverage.(具体怎么操作,之前博文有交代)。 接着我采用bedtools来接着对sam

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标签:bedtools 日志分类:生信软件围观群众:3106人
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上微信配肉牛饲料-我们团队的首个应用级产品

发布于:15-09-23  |   作者:admin

肉牛养殖和其他常见家畜养殖相比,是规模化和集约化程度最低的家畜之一,其饲料生产也并不像猪、禽类等那么成熟。于是,我们结合微信开发了这款肉牛饲料配方系统,希望能够对小规模肉牛养殖户有所帮助。 该系统由我的导师陈仕毅指导,阳凡进行模型建立和数据

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标签: 日志分类:杂七杂八围观群众:101人
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python读写数据的中文编码问题

发布于:15-08-12  |   作者:admin

使用python读写中文的时候,编码问题总是让我们这些半路出家的人很是痛苦。博主最近在写两个GUI软件的时候就被编码问题折腾得够呛,因此,特地分享一下在使用python编程过程中的中文编码问题。 书写python脚本的时候,如果你想在程序/脚本中加入中文元素,在

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标签:python 日志分类:杂七杂八围观群众:311人
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