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使用samtools/bedtools提取bam/sam文件指定区域reads

发布于:17-03-07  |   作者:admin

输入文件:reads_mapto_genome.sam #SAM格式 specific_region.bed #第一列为染色体ID,第二三列分别为起始终止位置 例: 12 21100 41200 #取12号染色体21100-41200区间的序列 1. 将reads_mapto_genome.sam转换为BAM格式 samtools view -Sb reads_mapto_genom

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标签:samtools 日志分类:学习笔记围观群众:543人
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ubuntu系统默认安装的R版本升级

发布于:16-09-12  |   作者:admin

R版本升级快,而且R包都有指定对R版本的最低要求。目前,我用的ubuntu 12.04默认安装的是R 2.14,与现在的3.2已经差的太远,因此,必须升级更新。但是,惊奇地发现升级还有些麻烦,最后在网上找到如下三条命令来更新。 sudo add-apt-repository ppa:marutter

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标签:ubuntu,R 日志分类:学习笔记围观群众:238人
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ubuntu上安装XML时,Cannot find xml2-config

发布于:16-09-12  |   作者:admin

安装R包XML的时候,执行install.packages(XML),出现错误提示: Cannot find xml2-config ERROR: configuration failed for package XML ... 问题在于没有安装lib2xml,解决方案: 如果跟我一样使用ubuntu,可以直接执行 sudo apt-get install libxml2-dev

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标签:R,ubuntu 日志分类:学习笔记围观群众:367人
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rJava /usr/lib/javm/default-java/jre/bin/java No such file

发布于:16-09-12  |   作者:admin

安装rJava 出现如下错误提示: ./configure: line 3729: /usr/lib/jvm/jre/bin/java: No such file or directory no configure: error: Java interpreter /usr/lib/jvm/jre/bin/java does not work 解决方案: 执行命令:sudo R CMD javareconf

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标签:Java 日志分类:学习笔记围观群众:239人
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ubuntu服务器上安装R

发布于:16-06-12  |   作者:admin

由于开发一个在线版的应用,需要在ubuntu远程服务器上安装安装R。这种事儿都干了三年了,按理说应该不会遇到太大问题,但是但是....... 总结一下,供下次再参考。 (1)在ubuntu上用apt-get install 是最方便的,首选,第一次使用apt-get install r-base-cor

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标签:R,ubuntu 日志分类:学习笔记围观群众:115人
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vcftools安装错误-autogen.sh: 3: autogen.sh: autoreconf: not

发布于:16-06-06  |   作者:admin

使用官方推荐的git之后安装vcf的过程出现错误。查询之后得到解决,贴出来共享。 错误代码:autogen.sh: 3: autogen.sh: autoreconf: not found 错误原因:系统未安装automake工具 解决方法:执行如下代码,sudo apt-get install autoconf automake libtool

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标签:vcftools 日志分类:学习笔记围观群众:266人
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apache2运行权限设置

发布于:16-06-02  |   作者:admin

花了数天时间把flask应用部署到apache2服务器上之后,突然发现我无法对文件进行读写操作(已经设置777权限),同时也无法运行系统命令。而在flask自带的服务器上运行却一起正常。原来,apache2默认的运行权限太低,于是,一个菜鸟又开始折腾权限的问题。 首

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标签:apache2 日志分类:学习笔记围观群众:291人
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Flask部署——apache2部署多个flask应用

发布于:16-06-02  |   作者:admin

1. 安装 apt-get install libapache2-mod-wsgi apt-get install apache2 2. 参数修改 (1)在httpd.conf中增加ServerName,阿里云包含内网和外网双ip,自动检测会用内网ip,此处将ServerName设为外网ip。 ServerName 115.28.8.178 (2)在port.conf中,修改Na

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标签:apache2,flask 日志分类:学习笔记围观群众:710人
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