0 Comments

singularity安装及简单实用

发布于:18-09-06  |   作者:admin

singularity是类似于docker的应用打包软件,博主使用的超算中没有需要的软件,不得不尝试使用singularity(这个服务器不支持docker)。下面记录一下首次使用的过程。 首先,在本地ubuntu 16.04上安装了singularity: $ git clone https://github.com/singula

+阅读全文

标签: 日志分类:学习笔记围观群众:159人
0 Comments

R语言sample函数-随机采样

发布于:18-07-15  |   作者:admin

R语言中的sample()函数是用于随机采样的函数。 函数模型:sample(x, size, replace = FALSE, prob = NULL) x参数为一个向量,其中包含一个以上的元素;也可以为一个整数,如果为整数(N),采样范围为1:N,包括N本身。 size,即采样次数 replace表示是否重复

+阅读全文

标签:R 日志分类:学习笔记围观群众:181人
0 Comments

【转载】MYSQL 日期、时间、时间戳转换

发布于:18-03-22  |   作者:admin

平时比较常用的时间、字符串、时间戳之间的互相转换,虽然常用但是几乎每次使用时候都喜欢去搜索一下用法;本文将作为一个笔记,整理一下三者之间的 转换(即:date转字符串、date转时间戳、字符串转date、字符串转时间戳、时间戳转date,时间戳转字符串)用

+阅读全文

标签:时间戳,MYSQL 日志分类:学习笔记围观群众:212人
0 Comments

ubuntu上搭建ftp服务器及配置

发布于:17-12-08  |   作者:admin

临时需要搭建一个ftp服务器,提供大数据下载服务,我的操作记录如下: 1. 安装 sudo apt-get install vsftpd 2. 新增用户 mkdir /home/ftp sudo useradd -d /home/ftp -s /bin/bash fldeng passwd fldeng gedit /etc/vsftpd.conf 在文件中添加一下内容: user

+阅读全文

标签: 日志分类:学习笔记围观群众:117人
0 Comments

qiime2 feature-classifier 错误

发布于:17-12-06  |   作者:admin

使用qiime2 feature-classifier classify-sklearn 的时候出现一下错误提示: Plugin error from feature-classifier:

+阅读全文

标签:qiime2 日志分类:学习笔记围观群众:946人
0 Comments

使用nohup后台运行Mothur命令

发布于:17-11-14  |   作者:admin

最常用的16s rRNA分析软件Mothur,使用方便好用。mothur能够在mac、windows和unix系统运行,甚至已经有GUI版本。但是在unix系统上运行还是主流。这里分享mothur和nohup

+阅读全文

标签: 日志分类:学习笔记围观群众:180人
1 Comments

使用samtools/bedtools提取bam/sam文件指定区域reads

发布于:17-03-07  |   作者:admin

输入文件:reads_mapto_genome.sam #SAM格式 specific_region.bed #第一列为染色体ID,第二三列分别为起始终止位置 例: 12 21100 41200 #取12号染色体21100-41200区间的序列 1. 将reads_mapto_genome.sam转换为BAM格式 samtools view -Sb reads_mapto_genom

+阅读全文

标签:samtools 日志分类:学习笔记围观群众:3251人
0 Comments

ubuntu系统默认安装的R版本升级

发布于:16-09-12  |   作者:admin

R版本升级快,而且R包都有指定对R版本的最低要求。目前,我用的ubuntu 12.04默认安装的是R 2.14,与现在的3.2已经差的太远,因此,必须升级更新。但是,惊奇地发现升级还有些麻烦,最后在网上找到如下三条命令来更新。 sudo add-apt-repository ppa:marutter

+阅读全文

标签:ubuntu,R 日志分类:学习笔记围观群众:306人
317 首页 1 2 3 下一页 末页