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singularity安装及简单实用

发布于:2018-09-06  |   作者:admin  |   已聚集:人围观
    singularity是类似于docker的应用打包软件,博主使用的超算中没有需要的软件,不得不尝试使用singularity(这个服务器不支持docker)。下面记录一下首次使用的过程。

    首先,在本地ubuntu 16.04上安装了singularity:

$ git clone https://github.com/singularityware/singularity.git
$ cd singularity
$ ./autogen.sh
$ ./configure --prefix=/usr/local --sysconfdir=/etc
$ make
$ sudo make install

    然后,从docker下载一个已有的container(???表述有点奇怪,但事实就是这样)(这个就是博主需要的:https://hub.docker.com/r/biobakery/metaphlan2/)

$ singularity build metaphlan2 docker://biobakery/metaphlan2

    然后,进入被命名为metaphlan2的container。
singularity shell metaphlan2

   ok, 软件已经可以正常使用了!!
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