学习circos先了解的circos概念

  学习circos之前，了解一下几个基本的概念对于学习更加容易轻松。

1、  调用外部文件

  为了是的配置文件更加清晰易读，往往会把配置文件分开，然后再在-conf FILE的FILE文件（默认circos.conf）中集中调用。

  circos配置文件一般是命名为ideogram.conf(染色体配置文件)、tick.conf（刻度配置文件）、circos.conf(整体调用的文件)以及color.conf(颜色)、font.conf等文件。其中circos.conf往往是我们最终作为输入文件，写入指令行。因此需要在circos.conf中调用其他文件。调用外部文件的方式:《include PATH/file》，path为主文件的相对路径。如果路径中没有包含，则circos从安装目录开始搜索。

  例:<<include etc/colors.ucsc.conf>> #调用颜色配置文件

2、  关于参数

  Circos的接收参数往往是param=value的形式，如果接收多个值则用半角逗号隔开param=value,value... ，有时候circos的param也同时接收多个不同的值。例如radius=0.9r  radius=0.8r（定义不同的绘图圈的半径）。

*对于只能接收一次值的参数，第二次接收的值自动覆盖前一次的值。

3、关于单位units

  Circos的参数中会出现三种单位——p（pixel）像素、r（relative）相对单位和u染色体的基础单位。u是chromosomes_units=n（bp）（1u=nbp）定义的长度单位，系统默认为1u=1Mbp。r的值是相对整个图片的大小（在<image>标签对里面设置的radius参数值即为r的值。

  使用这三种单位的时候，对ideograms的半径及其label位置设置往往使用r更容易控制相对位置。设置ideograms的间距等用u更好，而p则是绝对单位，可以作为前两种单位的补充，与其混用。例如：不同的单位之间可以混用0.5r+10p。

4、 参数整合与重新定义

  参数整合：即类型相似的参数之间调用在同一个文件中。例如：

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>> #调用色彩定义文件

<colors>mycolor = 255,100,100</colors> #加入新的色彩定义参数

重新定义则是原文件中已经有的参数，重新定义：

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>> #调用色彩定义文件，文件中已经存在red这个参数
<colors>red = 255,0,0</colors> #对red参数重新定义

5、标签对

  在circos配置文件中，所有的参数都位于标签对以内，甚至标签对会嵌套在一起，即一个标签对包含了子标签对。如果了解xml或许更容易理解这一概念。标签对就是用来存放配置文件的参数，circos以 标签对为标记，识别参数所控制的范围。例如：<color>red=255，0，0</color> （这个标签对里面放颜色配置信息）。