当前位置: 秀站网 > TAG标签 > 微生物

0 Comments

使用dada2的assignSpecies将OTU注释到种水平

发布于:18-03-22  |   作者:admin

基于贝叶斯方法的注释方法可以很好地将OTU注释到各分类学水平,但是注释到种水平还需要额外的方法补充。dada2最近提供新的注释方法assignSpecies,可以有效地将OTU注释到中水平。 首先,我们需要下载16s rRNA基因的注释数据库。

+阅读全文

标签:dada2,注释,16s,微生物 日志分类:微生物围观群众:169人
0 Comments

微生物16S rRNA NCBI RefSeq参考数据下载资源收录

发布于:18-03-19  |   作者:admin

NCBI的RefSeq 16S rRNA基因分析常用数据库,虽然数据量不大(比起RDP和silva真心小),但是人家可靠啊!种水平的blast比对常用这个数据库,目前包含19083条接近全长的16s rRNA参考序列(2018/3/13)。OTU种水平注释必备哟!!! 下载地址: 点击这里 参考文献

+阅读全文

标签:16S rRNA,微生物 日志分类:微生物围观群众:84人
1 Comments

微生物多样性分析之unweighted unifrac

发布于:18-01-08  |   作者:admin

(unweighted) unifrac是Lozupone等人[1]2005年提出的,从进化的角度比较两个不同微生物群落的差异(成对的比较)。基于多个群落unweighted unifrac距离矩阵,可以进一步做pcoa分析。随后,2007年,该团队又在此基础上,加入物种丰度信息,提出weighted unifr

+阅读全文

标签:微生物 日志分类:微生物围观群众:457人
0 Comments

微生物多样性分析之jaccard距离

发布于:18-01-03  |   作者:admin

jaccard index/distance 在微生物多样性分析中,被简单用于评估不同环境下微生物种类的相似性。jaccard distance仅仅考虑微生物种类(OTU)差异,忽略丰度(abundance)等信息。 jaccard相似度公式如下: 其中,Dab为a和b环境的jaccard distance,Numab为共有

+阅读全文

标签:微生物 日志分类:微生物围观群众:276人
    共1页/4条