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微生物16s分析之good's coverage

发布于:18-09-14  |   作者:admin

goods coverage用于评估测序结果代表的community物种的总数【Coverage= 1 - (number of individuals in species / total number of individuals)】。在16s分析中,常用goods coverage评估测序深度是否足够(也作为subsample值得参考)。下面直接看公式: Good

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标签:16s,微生物 日志分类:微生物围观群众:413人
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使用dada2的assignSpecies将OTU注释到种水平

发布于:18-03-22  |   作者:admin

基于贝叶斯方法的注释方法可以很好地将OTU注释到各分类学水平,但是注释到种水平还需要额外的方法补充。dada2最近提供新的注释方法assignSpecies,可以有效地将OTU注释到中水平。 首先,我们需要下载16s rRNA基因的注释数据库。

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标签:dada2,注释,16s,微生物 日志分类:微生物围观群众:354人
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mothur分析16s序列,pcr.seqs start和end位置

发布于:18-03-22  |   作者:admin

mothur的SOP中,将tags比对到silva数据的目的是让tags基本在目标区间以内,这也是过滤的步骤之一。由于silva数据库的16s序列为全长或接近全长,直接比对会显著增加计算量(alignment的计算量是相当惊人的)。因此,从数据库中取目标片段做比对是减少计算量的

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标签:16s,mothur 日志分类:微生物围观群众:637人
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