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使用dada2的assignSpecies将OTU注释到种水平

发布于:18-03-22  |   作者:admin

基于贝叶斯方法的注释方法可以很好地将OTU注释到各分类学水平,但是注释到种水平还需要额外的方法补充。dada2最近提供新的注释方法assignSpecies,可以有效地将OTU注释到中水平。 首先,我们需要下载16s rRNA基因的注释数据库。

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标签:dada2,注释,16s,微生物 日志分类:微生物围观群众:119人
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mothur分析16s序列,pcr.seqs start和end位置

发布于:18-03-22  |   作者:admin

mothur的SOP中,将tags比对到silva数据的目的是让tags基本在目标区间以内,这也是过滤的步骤之一。由于silva数据库的16s序列为全长或接近全长,直接比对会显著增加计算量(alignment的计算量是相当惊人的)。因此,从数据库中取目标片段做比对是减少计算量的

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标签:16s,mothur 日志分类:微生物围观群众:338人
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微生物16S rRNA NCBI RefSeq参考数据下载资源收录

发布于:18-03-19  |   作者:admin

NCBI的RefSeq 16S rRNA基因分析常用数据库,虽然数据量不大(比起RDP和silva真心小),但是人家可靠啊!种水平的blast比对常用这个数据库,目前包含19083条接近全长的16s rRNA参考序列(2018/3/13)。OTU种水平注释必备哟!!! 下载地址: 点击这里 参考文献

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标签:16S rRNA,微生物 日志分类:微生物围观群众:74人
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微生物多样性分析之Bray curtis距离

发布于:18-01-11  |   作者:admin

Bray-Curtis距离是以该统计指标的提出者J. Roger Bray和John T. Curtis的名字命名的,主要基于OTUs的计数统计,比较两个群落微生物的组成差异。与 unifrac距离 ,包含的信息完全不一样;相比于 jaccard距离 ,Bray-Curtis则包含了OTUs丰度信息。 其中,S_(A,

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标签:多样性,beta 日志分类:微生物围观群众:465人
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微生物多样性分析之unweighted unifrac

发布于:18-01-08  |   作者:admin

(unweighted) unifrac是Lozupone等人[1]2005年提出的,从进化的角度比较两个不同微生物群落的差异(成对的比较)。基于多个群落unweighted unifrac距离矩阵,可以进一步做pcoa分析。随后,2007年,该团队又在此基础上,加入物种丰度信息,提出weighted unifr

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标签:微生物 日志分类:微生物围观群众:361人
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微生物多样性分析之jaccard距离

发布于:18-01-03  |   作者:admin

jaccard index/distance 在微生物多样性分析中,被简单用于评估不同环境下微生物种类的相似性。jaccard distance仅仅考虑微生物种类(OTU)差异,忽略丰度(abundance)等信息。 jaccard相似度公式如下: 其中,Dab为a和b环境的jaccard distance,Numab为共有

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标签:微生物 日志分类:微生物围观群众:245人
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