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微生物16s分析之good's coverage

发布于:2018-09-14  |   作者:admin  |   已聚集:人围观
 good‘s coverage用于评估测序结果代表的community物种的总数【Coverage = 1 - (number of individuals in species / total number of individuals)】。在16s分析中,常用good's coverage评估测序深度是否足够(也作为subsample值得参考)。下面直接看公式:

Good's coverage = 1 - (F/N)
其中,F代表样本中singleton OTUs得数量,N代表OTUs总丰度(sum of abundances for all OTUs)
 

    good’s coverage在mothur、qiime等常用软件中都可以计算。但是需要特别注意得是,在最新得qiime2中使用dada2、deblur等算法时,good‘s coverage不再适用。在dada2、deblur等算法中,倾向于去掉singleton,因此会导致good’s coverage值偏高,需要慎重使用。

标签:微生物(5)16s(3)
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